切紙機的操作比較簡單，對環境的要求也不高。通常在一般的辦公室采用電源保證供電即可進行工作。一般切紙機具備自動開關系統，只要在輸人中故人紙張，切紙器就會自動旋轉把紙切碎。也有的切紙機則需要按一下啟動鍵，切紙器便會轉動，可繼續切紙。碎紙完畢，應按下停止/反向鍵，使切紙機停止轉動。
碎紙前應先檢查一下要破碎的文件上是否有曲別針、訂書釘等硬物。若有，應除去后再放進入紙口，否則可能損壞刀具。在使用切紙機時，應注意一次不要塞人過多的紙張，尤其是質量較好的紙，使用時更要注意，以免出現卡紙現象紙張放入時盡量不要放歪斜，對比較窄的紙要盡量放在進紙口的中央。
對于早期產品來說，使用時一旦發生卡紙故障，應按倒退鍵或停機鍵，使碎能夠繼續使用。切紙機大都裝有過載斷電保護裝置，當電動機過載發熱時，會自動停機。這時應停止使用20一30min，使電動機冷卻，同時，再次使用時應考慮適當減少一些輸入紙的數量。比較先進的切紙機一旦超載會自動停止、自動退紙，使用更為方便。當切紙機的箱體裝滿后，有的機器還會自動發出聲音，以提醒人們及時清除紙屑。