芽孢桿菌可以降低水體中硝酸鹽、亞硝酸鹽的含量，從而起到改善水質的作用。還能與養殖環境中的有害藻類以及各種致病菌競爭，形成優勢種群，從而能夠有一定的抑制作用。

芽孢桿菌的使用：        

建議晴天上午或者中午的時候使用，最好同時能夠有風、有波浪。  切記：陰雨天、天氣悶熱的時候解決不能使用芽孢！這種天氣塘口本身就容易缺氧，加之使用芽孢桿菌后會加速缺氧情況的發生！ 枯草芽孢桿菌的使用方法枯草芽孢桿菌在水產養殖中有兩種使用方法，一種是凈水用，另一種是內服。

1、凈水用；這是絕大多數芽孢桿菌的使用情況，也是最常見的。枯草芽孢桿菌能大量消耗水體中的有機質，將其分解為小分子有機酸、氨基酸及氨，改善水質，為單胞藻提供營養，能夠分解各種有機質，綜合凈化水環境，改善不良水質。

2. 內服使用；即添加到飼料中給水產動物食用，其實很多很多內服制劑以及飼料中也添加芽孢制劑。可以改善魚蝦蟹的腸胃功能，提高飼料的利潤率，改善肉質，促進長生，防病效果很好。主要是靠芽孢桿菌的占位效應，還有就是能夠產生有益代謝產物。