一是無污染、無公害。生物復合肥是天然有機物質與生物技術的有效組合。它所包含的菌劑，具有加速有機物質分解作用，為作物制造或轉化速效養分提供“動力”。同時菌劑兼具有提高化肥利用率和活化土壤中潛在養分的作用。
　二是配方科學、養分齊全。生物有機復合肥料一般是以有機物質為主體，配合少量的化學肥料，按照農作物的需肥規律和肥料特性進行科學配比，與生物“活化劑” （如EM菌）完美組合，除含有氮、磷、鉀大量營養元素和鈣、鎂、硫、鐵、硼、鋅、硒、鉬等中微量元素外，還含有大量有機物質、腐殖酸類物質和保肥增效劑，養分齊全，速緩相濟，供肥均衡，肥效持久。
三是活化土壤、增加肥效。生物肥料具有協助釋放土壤中潛在養分的功效。對土壤中氮的轉化率達到5—13.6%；對土壤中磷、鉀的轉化率可達到7—15.7%和8—16.6%。
四是低成本、高產出。在生育期較短的第三、四積溫帶，生物有機復合肥可替代化肥進行一次性施肥，降低生產成本。如大豆每畝施用生物復合專用肥30— 40kg，玉米每畝施用專用肥50—75kg，一次性作底肥施入，不需追肥，既節省投資，又節省投工。與常規施用化肥相比，在等價投入的情況下，糧食作物每畝可增產10—20%。
五是提高產品品質、降低有害積累。由于生物復合肥中的活菌和保肥增效劑的雙重作用，可促進農作物中硝酸鹽的轉化，減少農產品硝酸鹽的積累。與施用化學肥料相比，可使產品中硝酸鹽含量降低20—30%，VC含量提高30—40%，可溶性糖可提高1—4度。產品口味好、保鮮時間長、耐儲存。
六是有效提高耕地肥力、改善土壤供肥環境。生物肥中的活菌所溢出的孢外多糖是土壤團粒結構的粘合劑，能夠疏松土壤，增強土壤團粒結構，提高保水保肥能力，增加土壤有機質，七是抑制土傳病害。生物肥能促進作物根際有益微生物（EM菌）的增殖，改善作物根際生態環境。有益微生物（EM菌）和抗病因子的增加，還可明顯地降低土傳病害的侵染，降低重茬作物的病情指數，連年施用可大大緩解連作障礙。
八 是促進作物早熟。