生物除臭主要是利用微生物除臭，通過微生物的生理代謝將具有臭味的物質加以轉化，使目標污染物被有效分解凈化，以達到惡臭的治理(廢氣處理)目的。

以生物附著和生長的永久性的大表面積生物填料，使微生物在適宜的環境下，在生物填料表面形成生物膜，生物膜中的微生物利用廢氣中的無機和有機物作為碳源和能源，通過降解惡臭物質維持其生命活動，并將惡臭物質分解為水和二氧化碳、水、礦物質等無臭物，達到凈化惡臭氣體的目的。

惡臭氣體經過管道收集后進入生物過濾除臭裝置，氣流與循環液在穿過生物填料層的過程中完成生物的氣液擴散、液固擴散、生物氧化三個過程，生物填料表面生物膜中的微生物以惡臭氣體物質為營養，惡臭物及VOCs被微生物氧化分解，在轉化過程中產生能量，為微生物的生長與繁殖提供能源，使惡臭氣體物質的轉化持續進行，經凈化后的氣體由引風機引出排放。